原因可能為魚缸沒有魚缸蓋，加上某些昆蟲在夜間都有趨光性，魚缸燈光會吸引小飛蠅接近，從而會有小飛蠅掉進魚缸中。
解決方法如下：
經常要清洗海綿等用具，斷絕藏污納垢的場所。小飛蠅因為有吃有喝，有非常適合繁殖的好場所，並且它的卵是產在海棉上，隨時都可以生長。因此過濾系統是一把雙刃劍，很可能就是病菌藏匿繁殖的場所，而且是重複傳染
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