在燃燒軍團對灰谷展開入侵期間，伊利丹吸收了一個被稱為“古爾丹之顱”的強大術士神器的能量，變化成了一個擁有惡魔外表和強大力量的生物，還獲得了古爾丹的一部分記憶，特別是關於薩格拉斯之墓。
之後他碰上了基爾加丹，這個惡魔覺察到自己的傑作巫妖王變得過於強大而難以控制，命令伊利丹去終結耐奧祖，並永遠消滅亡靈天災的力量。作為交易的條件，伊利丹將會得到巨大的力量並在燃燒軍團的領導者中佔有一席之地。
伊利丹同意了這個計劃，並立刻開始準備摧毀囚禁着巫妖王靈魂的冰封王座。他需要一件強大的神器，於是將那迦從黑暗的深海巢穴中召喚出來，尋找傳説中薩格拉斯之墓所在的破碎島嶼。
同時，典獄官瑪維·影歌也開始了對他的追捕，但是沒有成功。伊利丹成功竊取了薩格拉斯之眼，來到達拉然。利用城市裏的能量裝置的強作用化，他施展的一個毀滅性的法術粉碎了巫妖王的防禦力量並割裂了世界之脊，但是在最後的時刻被趕來支援瑪維的瑪法里奧和女祭司泰蘭德所阻止。
為了逃避基爾加丹對自己失敗的懲罰，伊利丹逃向外域，決定在這裏避避風頭並計劃他的下一步行動。在成功地阻止了伊利丹之後，瑪法里奧和泰蘭德回到灰谷的家園去照顧他們的人民。然而瑪維並不打算善罷甘休，她尾隨伊利丹來到外域，下決心要把他帶回去接受審判。
洛丹倫和奎爾薩拉斯徹底變成了充滿劇毒的瘟疫之地。那裏只有一些小規模的聯盟抵抗力量仍在苟延殘喘。其中的一個組織主要由高等精靈組成，領導者是逐日者王朝的最後一個成員凱爾薩斯王子。
高等精靈對家園的淪陷非常悲痛，為了向死去的同胞表示敬意，他們改稱自己為血精靈。他們因為離開了太陽之井這個力量的源泉而備受煎熬。為了緩解手下們與生俱來的對於魔法的飢渴，凱爾接受了他們的高等精靈祖先伸出的援手，加入了伊利丹和他的那迦部隊。
此舉使血精靈被殘餘的聯盟領袖譴責為叛徒並永遠驅逐。走投無路之下，凱爾和他的血精靈們只得跟隨伊利丹來到外域幫助他對付典獄官瑪維。瑪維本已將伊利丹抓獲，卻被血精靈和那迦聯手擊敗，伊利丹也被重新解放。
因為自己的防禦上出現了缺口，巫妖王耐奧祖的力量因而一天天地喪失，急於自保，他將強大的手下死亡騎士阿爾薩斯召喚到身邊。因為阿爾薩斯的力量隨着巫妖王的虛弱而漸漸流失，女妖希爾瓦娜斯·風行者領導着半數的亡靈軍團發動了一場試圖顛覆阿爾薩斯統治的政變。
最終她和她的亡靈叛軍（被遺忘者）將洛丹倫都城的廢墟佔為己有。力量遭到削弱的阿爾薩斯仍決定去援救他的主人。他到達諾森德後卻發現伊利丹的血精靈和那迦已經先他一步到了那裏。於是，阿爾薩斯和他的天災軍團只得與伊利丹的部隊爭奪時間。
在巫妖王將自己所有的力量給予阿爾薩斯的情況下，阿爾薩斯最終以戰勝了伊利丹率先抵達了冰封王座。他用霜之哀傷擊碎了囚禁巫妖王的冰牢，將擁有耐奧祖力量的頭盔戴到了自己的頭上，成為了新的巫妖王。伊利丹和他的軍隊被迫恥辱地逃回外域。
擴展資料
遊戲模式：
1、單人戰役。
遊戲的新增戰役有兩個分支，即暗夜精靈哨兵系列與杜隆塔爾的獨立系列。其中哨兵戰役需要通過逐步解鎖。除了劇情戰役，遊戲還允許玩家進行自定義戰役，一些官方或者愛好者發行的戰役及RPG地圖通常通過這一模式進行。
2、多人遊戲。
除了戰役模式，遊戲提供了聯機對戰和戰網模式。其中聯機對戰與前代作品類似，可以做多容納12名玩家分組對戰。遊戲提供了錄像功能，看錄像的方法是選擇單人遊戲，然後再選擇觀看錄像
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