在嘉靖三十六年，宮中起火，三大殿都燒燬了，大火危及到了文樓，嘉靖皇帝連下三道聖旨，把《永樂大典》從文樓中搶救出來。大火過後，嘉靖皇帝心有餘悸，於是決定重新抄錄一部《永樂大典》。一百多人經過六年的努力，《永樂大典》終於抄錄完成了。這樣一來《永樂大典》就有了兩個版本，永樂年間的叫做正本，嘉靖年間的叫做副本。
嘉靖年間的副本抄錄完成之後，永樂年間的正本就不見了。現存所有的《永樂大典》沒有一本是永樂年間的
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