之前屬於河北省承德市
密雲歷史悠久,可追溯到先秦時代。
1949年8月,密雲縣、乙化兩縣合併,仍稱密雲縣,隸河北省通縣專署。
1958年4月,河北省通縣專署撤銷,密雲區改屬河北省承德專署。
1958年10月,密雲劃歸北京市管轄。 
2015年11月,撤銷密雲縣,設立密雲區。