eva終刪除了舊作中正統補完派VS異端補完派的劇情。碇源堂沒有像舊作中一樣和Seele眾長老殺成一團,而是達成統一戰線,繼承了後者的遺產與遺願。大量劇情被加到以葛城美里為代表的反抗派身上,舊作的第三次也被拆分成三四兩次完成,給了反抗派成長壯大,足以與NERV抗衡的過渡時間。而最終結局依然是反抗派與補完派間的大戰。