擬從早5:00開始,晚上23:00結束,全天共計運營18小時。寧句城際軌道交通工程設計初期、近期、遠期高峯小時列車最小發車間隔分別為4.6分鐘、2.7分鐘、2.1分鐘平峯小時列車最大發車間間隔保持10分鐘不變。
南京地鐵s6號線採用快慢車結合的運營模式,快車在客流相對較小的車站不停車,採用追蹤或者在部分車站設置越行線越行慢車的方式,最多越行7站不停車,體現了將沿線乘客快速送達的理念。
列車採用最高運行速度120km/h的市域B型車,並結合客流分佈特點採用大站快車的運營模式,從句容站到馬羣站最快僅需約33分鐘,通過換乘地鐵2號線,可實現1小時直達新街口的快速出行。