飛魚的天敵有很多。它本身只能長到60釐米左右,比它大的肉食性魚類都會吃它,雖然它的速度很快,但總有更快的,比如旗魚、劍魚和金槍魚,這些魚類的速度是超過它的,因此捕食也非常容易。除了水裏的,天上的很多鳥也會以魚為食,比如海鷗就會吃它。當然,對它而言,最可怕的敵人還要數人類。