基本醫療保險藥品目錄所列藥品包括西藥、中成藥(含民族藥)、中藥飲片(含民族藥)。西藥和中成藥列基本醫療保險基金准予支付的藥品目錄，藥品名稱採用通用名，並標明劑型。中藥飲片列基本醫療保險基金不予支付的藥品目錄，藥品名稱採用藥典名。基本醫療保險藥品目錄中的西藥和中成藥在《國家基本藥物》的基礎上遴選，並分甲類目錄和乙類目錄。
甲類目錄的藥品是臨牀治療必需，使用廣泛，療效好，同類藥品中價格低的藥品。乙類目錄的藥品是可供臨牀治療選擇使用，療效好，同類藥品中比甲類目錄藥品價格略高的藥品。
甲類目錄由國家統一制定，各地不得調整。
乙類目錄由國家制定，各省、自治區、直轄市可根據當地經濟水平、醫療需求和用藥習慣，適當進行調整，增加和減少的品種數之和不得超過國家制定的乙類目錄藥品總數的15%。各省、自治區、直轄市對本省、自治區、直轄市基本醫療保險藥品目錄中易濫用、毒副作用大的藥品，可按臨牀適應症和醫院級別分別予以限定。
基本醫療保險參保人員使用基本醫療保險藥品目錄中的藥品，所發生的費用按以下原則支付：使用甲類目錄的藥品所發生的費用，按基本醫療保險的規定支付使用乙類目錄的藥品所發生的費用，先由參保人員自付一定比例，再按基本醫療保險的規定支付。個人自付的具體比例，由統籌地區規定，報省、自治區、直轄市勞動保障行政部門備案。使用中藥飲片所發生的費用，除基本醫療保險基金不予支付的藥品外，均按基本醫療保險的規定支付。急救、搶救期間所需藥品的使用可適當放寬範圍，各統籌地區要根據當地實際制定具體的管理辦法。
在國家藥品目錄中的藥品，有下列情況之一的，從基本醫療保險用藥範圍或國家和地方的藥品目錄中刪除：藥品監管局撤銷批准文號的藥品監管局吊銷進口藥品註冊證的藥品監管局禁止生產、銷售和使用的經主管部門查實，在生產、銷售過程中有違法行為的在評審過程中有弄虛作假行為的。
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