西藏山南扎囊縣居藏南雅魯藏布江中游河谷地帶,南北均為高山,沿江兩岸為谷地。平均海拔3680米。
扎囊縣隸屬中華人民共和國西藏自治區山南市,東鄰乃東和瓊結兩縣,西連貢嘎縣,南與措美縣和浪卡子縣接壤,北與拉薩市城關區和達孜區相連。日照充分,輻射強。