過濾棉一般五到七天就要洗一次。清洗過濾棉時取魚缸中的水輕輕揉搓過濾棉，把附着的顆粒物、雜質洗掉即可，不宜用自來水，避免硝化細菌被沖掉。過濾棉清洗後會逐漸變薄，根據其發舊程度可1~3個月更換一次。
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過濾棉最好是每7天左右清洗一次，使用1個月左右更換，但是聚酯泡沫材料過濾棉可以3個月更換一次。
而在清洗過濾棉時，還要檢查過濾棉是否越來越薄，過濾水是否變差，如果有就需要清洗或更換過濾棉
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