中亞最主要的兩條河流:阿姆河和錫爾河。它們都發源於帕米爾高原,向西注入鹹海,都屬於內流河。阿姆河經過土庫曼斯坦和烏茲別克斯坦,錫爾河經過吉爾吉斯斯坦、烏茲別克斯坦和哈薩克斯坦。中亞的東部地區還有伊犁河,發源於中國,注入巴爾喀什湖,途徑哈薩克斯坦,是一條內流河。東北部有額爾齊斯河,發源於中國,從俄羅斯注入北冰洋,途徑哈薩克斯坦,是一條外流河。西部有烏拉爾河,發源於烏拉爾山脈,注入裏海,途徑哈薩克斯坦,是一條內流河。