如何從芯片中獲得數據

方法分3種：

1、使用affy包讀取。（HGU95/HGU133芯片）

2、使用oligo包讀取。（Whole Transcriptome 芯片/ NimbleGen 芯片/ SNP芯片等）

3、使用simpleaffy包讀取。（HGU95/HGU133芯片）

説明

1 使用 affy 包讀取

1 justRMA

有和justRMA兩種函數可供使用。justRMA整合了讀取數據和rma算法處理兩個步驟，可以直接讀取數據生成ExpressionSet，不產生AffyBatch。

必須給出要讀取的CEL文件的文件名（可以為list），justRMA在不輸入任何參數的時候表示讀取工作目錄下所有的CEL文件。若輸入justRMA(widget=T)，則表示手動選擇要讀取的CEL文件。推薦輸入包含路徑的文件名（iles( = T)的返回值）。

2 batch

有batch和ReadAffy兩種函數可供選擇，均讀取CEL文件轉換成AffyBatch對象，CEL文件無論是否壓縮均可讀取。

batch必須給出要讀取的CEL文件的文件名（可以為list）且不能更改讀取路徑，讀取路徑固定為工作路徑。ReadAffy在不輸入任何參數的時候表示讀取工作路徑下所有的CEL文件。若輸入ReadAffy(widget=T)，則表示手動選擇要讀取的CEL文件。

2 使用 oligo 包讀取iles

讀取CEL文件的時候推薦輸入包含路徑的文件名。即使用上一步代碼iles(celpath， = T)的返回值。無論CEL文件是否被壓縮均可讀取。

3 使用 simpleaffy 包讀取

使用simpleaffy包讀取CEL文件需要額外提供一個描述實驗分組信息（即phenoData)的covdec文件。該文件與CEL文件放在同一目錄下。要求covdec文件第一列無列名，含有要讀取CEL文件名，剩下的列表示實驗因子。