耶律齊沒有叛變,是被人陷害的。
襄陽城破之際,耶律齊被屬下拼死救出,其替身為劉整所擒。劉整將計就計,四處宣揚耶律齊已投靠蒙元,謠言漸漸傳遍武林。
耶律齊本想一死了之,但為保清白之名,不得不苦練《九陰真經》,然後潛入蒙軍,取了叛變替身的人頭,並以“移魂大法”殺死劉整。
耶律齊身受重傷,卻得劉整一舊部相助,逃出生天。他來到丐幫君山分舵,準備東山再起,卻被野心長老吳池借謠言將其殺死,含冤莫白。
不久後,郭襄持倚天劍斬殺吳池,為耶律齊正名。但此時謠言流毒已久,是以百年之後,仍有人認為耶律齊做了叛徒。
其實在《神鵰俠侶》中,大家都知道,耶律齊的父親是非常有治國韜略的蒙古宰相耶律楚材,鐵木真在世的時候,耶律楚材就已經是蒙古宰相了,但是後來蒙哥死後,蒙古內部為了大漢的位置,內鬥不斷,當時蒙古太后想要拉攏耶律楚材,但是耶律楚材不願參與這些政治鬥爭,最終蒙古太后就以莫須有罪名除掉了耶律楚材,因此,在耶律齊心中一直都有為父親耶律楚材平冤昭雪的冤枉。
但是以前蒙古人要將他們趕盡殺絕,但是忽必烈掌權之後,凡是有才之人皆可用之,於是這讓耶律齊看到了為父昭雪冤屈的希望,就這樣耶律齊背叛了郭靖。