所和院的區別主要有:研究院大部分是“獨立法人企業”,研究所一部分是高校及科研機構下屬某單位,一部分是個別地區特指的具備招生資格的研究生院。研究院,在學術界,稱其為科學試驗的研究機構。是大學之後的進階教育研究機構,一般設於大學中,以“某大學某研究生院”的形式存在,也有獨立設立者。
研究所在學術界,稱其為科學試驗的研究部門。研究所一直是國家重點扶持和照顧的對象,特別是軍工類的研究所。