有影響。 
淨水劑的主要合成成分有聚合氯化鋁、聚氯化鋁鐵、硫酸鋁、硫酸亞鐵。雖然淨水劑可以將雜質凝聚並且沉澱,但是不能將他們分解。淨水劑中的硫酸鋁、硫酸亞鐵對魚的眼睛表皮黏膜有刺激性的傷害作用,而鋁離子跟三價鐵是有毒物質。
還有淨水劑成分有膠體的性質,長期使用的話,會凝聚在魚鰓中,容易形成堵鰓現象。