主要區別是:
一是屬性不同。
主管部門屬行政管理單位。
業務主管部門屬於業務技術指導單位。
二是職責不同。
主管部門職責員考評、處罰和行政管理,人事協調。
業務主管部門職責是技術服務、設計方案制定、執行和監管。
三是工作對象不同。
主管部門是對人、責、權的管理。
業務主管部門是對技術、工程項目管理。
通常情況下,主管部門是指行政主管部門,是上級領導機構。業務主管部門是指行業指導部門,業務上歸口於該機構指導。主管部門是上級領導下級的行政關係,業務主管部門是上級指導下級的業務指導關係。前者是鋼性的全面指揮,後者是指導性的業務關係。