1、種屬不同。
水蛛：屬於蜘蛛綱蜘蛛目水蛛科水蛛屬。
輪蟲：屬於輪蟲綱真輪蟲亞綱輪蟲總稱。
2、外形差異。
水蛛：體長約在8-10毫米，雄性體型小，通體褐色，腹部土黃色，全身長滿防水絨毛。
輪蟲：體型微小，體長約在0.04-2毫米，身體為長形，分為頭部，軀幹，尾部。
頭部有一至二圈的纖毛組成，形似輪盤。
水蛛，又名銀蜘蛛，是其同類的唯一叛逆者，它生活在水的世界裏。當它們潛入水中時，全身長滿的防水絨毛就會附着許多氣泡，猶如進入了一個空氣層封閉的套子裏。這奇特的氣罩使水蛛成了一個水銀球，光彩照人。偶爾，它們還會用腹部的末端探出水面，托起一個大氣泡招搖過市。
輪蟲形體微小，長約0.04-2毫米，多數不超過0.5毫米。它們分佈廣，多數自由生活，有寄生的，有個體也有羣體。廢水生物處理中的輪蟲為自由生活的。身體為長形，分頭部、軀幹及尾部。頭部有一個由1-2圈纖毛組成的、能轉動的輪盤，形如車輪故叫輪蟲。輪盤為輪蟲的運動和攝食器官，咽內有一個幾丁質的咀嚼器。軀幹呈圓簡形，背腹扁寬，具刺或棘，外面有透明的角質甲臘。尾部末端有分叉的趾，內有腺體分泌粘液，藉以固着有其他物體上。雌雄異體。卵生，多為孤雌生殖。
水蛛”分為“細水蛛”和“大水蛛”。“細水蛛”主要是指大小在0.2 mm-0.5 mm之間的輪蟲和小分枝角。農民普遍認為，他們可以通過60個篩網作為“細水蛛”。5天內可作為魚苗的主食。
大水蛛主要是指枝角類，大小為0.53 mm，是苗期食物轉化前的主要食物，根據魚類種類，以大水蛛為主要食物的時間約為7~15天
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