影片主要講述少年派的傳奇故事。派的父親開了一家動物園。因這樣特殊的生活環境，少年派對信仰與人的本性自有一套看法。在派17歲那一年，他的父母決定舉家移民加拿大以追求更好的生活。當天深夜在茫茫大海中，原本令派感到刺激無比的暴風雨一瞬間吞噬了貨船的。派卻奇蹟般地活了下來，搭着救生船在太平洋上漂流，和一名令人意想不到的同伴——理查德·帕克，一隻孟加拉老虎。
整部電影視覺效果十分炫目，鏡頭與情節的融合恰到好處，十分讓人震撼。
電影開始，一位作家經過朋友介紹，來到派的家中向派詢問他的傳奇經歷，故事在派的講述下緩緩展開。派出生在法屬印度，當地複雜的生活環境造就了派複雜的宗教信仰，他同時信奉基督教，印度教和伊斯蘭教。派的父親經營了一家動物園，但土地並不歸屬個人，派的父親只擁有動物園裏的動物。在前往加拿大的過程中，船沉了，派和一條鬣狗、一隻斑馬、一隻母猩猩，以及理查德·帕克一起在救生艇上倖存了下來。但是很快鬣狗咬死了斑馬和母猩猩，之後孟加拉虎又殺死了鬣狗。船上只剩下派和理查德·帕克。
派沒有向命運低頭，依靠船上原有的物資他只能堅持幾天。他要收集淡水，捕魚果腹，不僅要滿足自己的需求，還要滿足理查德·帕克防止自己被吃掉。風暴襲來，派保存在自制的小木筏上的資源全部都被捲走，在最終資源耗盡時，他們遇到了一個小島，上面有淡水有食物，但休整後派卻發現這是個食人島，他帶着一些食物和淡水再次和老虎一起開始了漂流，最後在一片海灘上獲救，而理查德·帕克頭也不會地走進了森林。
故事到這裏只能説是平平無奇，一個略微有趣和荒誕的故事加上絢麗的畫面，如果電影在這裏就結束也許只能勉強上個7分。真正的點在電影結尾處的對話，一個被隱藏起來的另一個版本的故事。這是兩個日本人來調查船隻沉默原因時派講述的。一個廚子、一個斷腿的水手還有派和他的母親。廚子殺死了水手，又殺死了派的母親，最後派殺死了廚子，獨自在海上漂流，最終獲救。
《少年派的奇幻漂流》整部電影通過派的回憶，講述了一個少年在經歷了一場災難之後在大海上的長達227天漂流的故事。在這個過程中，突顯了派的心路化歷程。
劇情中，主角派雖然擁有很多的信仰，但是他始終信仰着毗濕奴，而他一直都在尋找一種平衡，關於宗教和理性之間的平衡。當海難發生之後，老虎出現了，它其實隱喻內心中最本能或者是最原始的獸性。沒有同情，沒有憐憫
派與老虎的鬥爭過程正是神性與獸性、理性與本能之間的掙扎過程。他是一個素食主義者，但是他卻為老虎捕魚。在跟老虎相處的過程，他其實很害怕自己會成為這隻老虎的盤中餐，所以不得不時時警惕着，一邊是防禦，一邊卻又不能放棄這個兇猛的野獸，若沒有這野獸，或許他早就無法面對海上的一切未知的變數。
最後，派跟老虎相處得很和諧，或者説他成功馴服了他心中那一頭兇猛的野獸，這也致使他內心深處的神性和獸性能夠達到了和諧共處的狀態。當達到墨西哥的海岸之時，老虎選擇離開，這也象徵着獸性在迴歸到人類生活之後，它會選擇隱藏亦或者離開
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