首先，草海濒临城市，与城市关系非常密切，在草海上游老城区一带，由于基础设施滞后，无法有效进行管网收集实施污水治理，城市生活污水成了草海一个永续的污染源。
其次，环草海湿地居住着18个村99个村庄9万余人，没有排污收集系统，生活污水和垃圾直接排放到草海湿地，对草海造成严重污染。
入湖污染严重
城区污水管网收集不齐，污水处理厂容量有限。
生活基本没有排污收集处理系统，每天也有8000多吨污水直排入湖。分散在草海周边的上千家农家乐接待点，基本没有垃圾和污水处理意识，大量的餐饮垃圾和废料，直接进入到草海水体。
围草海的养殖户的畜禽粪便也基本上直接入湖。草海周边大部分是农耕地，化肥、农药的使用量巨大，这些残留在土地里的化肥、农药经雨水淋刷后约70%直接流入草海。主要污染因子为总磷、溶解氧、氨氮以及高锰酸盐指数等都严重超标。
按监测垂线每月水质类别出现频率统计，2006年中部和杨关山垂线均为Ⅲ类水质2007年中部垂线为Ⅲ类水质，杨关山垂线为Ⅱ类水质2008年两个垂线均为Ⅱ类水质2009年中部垂线为Ⅲ类水质，杨关山垂线为Ⅱ类水质2010-2011年均为Ⅲ类水质2012年均为Ⅳ类水质。
同时每年有120.6吨以上城镇生活垃圾直接堆放于草海集水区域，大量垃圾被自然动力冲刷进入草海。直到草海环境综合整治开始，环草海建立1家万吨污水处理厂外，还建立了19家分散式污水处理厂，入湖垃圾得到一定的清理，周边许多无序的农家接待点被关停，草海的水质才开始好转，但直到今天，部分指标还超标，达不到Ⅲ类水质。
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