棉籽的含油量并不少，但由于种皮结构特别坚固，在运输及贮藏过程中，不会遭受损害和破裂。另外，一般棉籽在皮表面附有短绒，导热性较差，在一般草本油料中是最好保管的一种。但如果水分和温度较高，则容易变质。
棉籽质量好坏，对于能否长期贮藏有很大关系。水分、杂质较高或不成熟粒较多及局部破坏的棉籽不易保管。因此，对于业用等级较低的棉籽，建议保藏不要超过三个月。而需长期贮藏的棉籽必须注意选择严格控制质量关。
棉籽一般的安全质量标准是：水分不超过12%，杂质不超过0.5%，霉粒不超过5%。水分在12%以下的棉籽，在冬、春季适于长期保管。水分 12-13%的棉籽在北方冬季可利用包装或露天堆放作短期保管，但要掌握棉籽的温度变化情况。如有发热现象。须及时拨出加工或通风曝晒，但在春季则不适宜散放。水分13-14%的棉籽，须晾晒降低水分后入仓。.
棉籽油保质期:棉籽油和调和油的保质期一般为12个月。棉籽油即是以棉花籽榨的油，分为压榨棉籽油、浸出棉籽油、转基因棉籽油、棉籽原油
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