顶层加盖防雨层应该是合法的,因为楼房顶上漏水的情况还是比较多的,补漏防水有几种做法,有的多打一层水泥,有的是用防水涂料,有的用泥青,最好的办法还是盖钢棚,所以楼顶上盖防雨层不违法。
按相关规定申请获批准,顶层加盖防雨层就合法,否则就是违法,所有在建筑物加盖项目都必须报经相关部门批准后才能动工。