1、身體側面顏色不同:南方藍鰭金槍魚爲黑青色和深藍色,而大目黃鰭金槍魚中間呈明顯的黃色。
2、價格不同:南方藍鰭金槍魚比大目黃鰭金槍魚貴。
3、脂肪含量不同:南方藍鰭金槍魚的脂肪含量比其他金槍魚高很多,大約爲15%左右,大眼金槍魚8%左右,長鰭金槍魚7%左右,而大目黃鰭金槍魚只有2%左右。所以藍鰭toro的部分通常更爲肥美。魚肉的風味上也比其他兩種有更多香氣和回味。
4、側鰭長度的不同:南方藍鰭金槍魚的鰭較短,大目黃鰭金槍魚的鰭很長。