用pcr擴增時，就是5'到3'，因爲所用的酶就只有5'到3'DNA聚合酶。
DNA在體內生物合成時，也是5'到3'，另外一條反向DNA鏈看上去是3'到5'，其實也是先5'到3'合成岡崎片段後，再進行連接合成。
引物在與新鏈結時，由於新鏈模板的5'端序列是固定的，這就等於這次延伸的片段3'端被固定了止點，保證了新片段的起點和止點都限定於引物擴增序列以內、形成長短一致的“短產物片段”。
因爲脫氧核糖核苷酸是由一分子的含氮的鹼基，一分子的脫氧核糖，一分子的磷酸構成的.核糖的5'位有個磷酸，爲磷酸端，3'位是-OH （羥基），是 羥基端連接就是前一個脫氧核糖核苷酸的羥基端與後一個的磷酸端相連，也就是從5'到3'端延伸.
可分爲長產物片段和短產物片段兩部分。短產物片段的長度嚴格地限定在兩個引物鏈5'端之間，是需要擴增的特定片段。短產物片段和長產物片段是由於引物所結合的模板不一樣而形成的，以一個原始模板爲例，在第一個反應週期中，以兩條互補的DNA爲模板，引物是從3'端開始延伸，其5'端是固定的，3'端則沒有固定的止點，長短不一，這就是“長產物片段”。段”。
引物有上游引物和下游引物，兩個引物5′端都是結合在模板的3′端，PCR中用的taq酶是從5′端→3′聚合的，所以pcr過程就是引物的5′端→3′ 端延伸
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