有區別。主要區別是，科目分類不同、形態特徵不同、生長環境不同，具體如下：
一、科目分類不同
1、高粱
別稱蜀黍、桃黍、木稷、荻粱、烏禾、茭子等，屬禾本目、禾本科、高粱屬、高粱種。
2、穀子
別稱粟、稷，去皮後俗稱小米。屬禾本目、禾本科、狗尾草屬、粟種。
二、形態特徵不同
1、高粱
稈較粗壯，直立，基部節上具支撐根。葉鞘無毛或稍有白粉葉舌硬膜質，先端圓，邊緣有纖毛。圓錐花序疏鬆，主軸裸露，總梗直立或微彎曲，花柱分離，柱頭帚狀。穎果兩面平凸，淡紅色至紅棕色，熟時寬2.5-3毫米，頂端微外露。有柄小穗的柄長約2.5毫米，小穗線形至披針形。
2、穀子
稈粗壯、分櫱少，狹長披針形葉片，有明顯的中脈和小脈，具有細毛穗狀圓錐花序小穗成簇聚生在三級支梗上，小穗基本有刺毛。每穗結實數百至上千粒，子實極小，徑約0.1cm，穀穗一般成熟後金黃色，卵圓形籽實，粒小多爲黃色。
三、生長環境不同
1、高粱
喜溫、喜光，並有一定的耐高溫特性，全生育期適宜溫度20-30℃。而且，高粱是C4作物，全生育期都需要充足的光照。根系發達，根細胞具有較高的滲透壓，從土壤中吸收水分能力強。
2、穀子
喜高溫，土質疏鬆，地勢平坦，黑土層較厚，排水良好，有機質含量高的土壤，生育適溫22～30度，海拔1000公尺以下均適合栽培
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