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醬油用的原料是植物性蛋白質和澱粉質。
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植物性蛋白質遍取自大豆榨油後的豆餅，或溶劑浸出油脂後的豆粕，也有以花生餅、蠶豆代用，傳統生產中以大豆爲主
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澱粉質原料普遍採用小麥及麩皮，也有以碎米和玉米代用，傳統生產中以麪粉爲主。原料經蒸熟冷卻，接入純粹培養的米麴黴菌種製成醬曲，醬油醬曲移入發酵池，加鹽水發酵，待醬醅成熟後，以浸出法提取醬油。
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制曲的目的是使米麴黴在曲料上充分生長髮育，並大量產生和積蓄所需要的酶，如蛋白酶、肽酶、澱粉酶、谷氨醯胺酶、果膠酶、纖維素酶、半纖維素酶等。
傳統的製作方法:
1、 脫脂大豆因原形已破壞，採用灑水方式使其吸水，其灑水量爲脫脂大豆重量的120~130%。整粒大豆則用水浸漬。
2、 浸漬後進行蒸煮，69~90兆帕的壓力蒸煮0.5~1小時，然後蒸煮鍋內立即減壓，迅速冷卻至40℃左右。
3、 小麥精選之後焙炒並破碎、壓碎，其程度以將小麥碎成3~5粒並混有適量的粉末爲宜。
4、 將蒸煮的脫脂大豆和破碎的小麥，按大致相同的容量進行混合。接種麴菌進行制曲。
5、 將波美19°(含食鹽23%)的食鹽水放入罐中，再加入制好的麴菌進行發酵。加入的鹽水量爲脫脂大豆和小麥容量總和的1.2~1.3倍(稱12~13的水發酵)。將曲子放入食鹽水中發酵後的物質稱爲醬醪。發酵後每天應送入壓縮空氣進行攪拌。最初曲子浮於食鹽水面而不溶解，但不久就成爲粘稠狀態。
6、 一般需1年的成熟期。透過夏季發酵，色澤加深，稱爲成熟醬醪。成熟中原料的各種成分，因曲子的酶和繁殖起來的 Zygosaccharomyces mayor 和Soyac 等耐鹽性酵母、乳酸菌及其它細菌的作用而發生了變化。蛋白質水解成低級的縮氨酸和氨基酸，並還可進一步分解。而澱粉則水解成糖。
7、 再透過微生物的作用將糖分解成酒精和乳酸、醋酸等有機酸。生成的酒精和有機酸，再進一步分解成具有香氣的酯類，同時也改進了色澤。
8、 熟成的醬醪放入濾布或袋中壓榨出汁，所得的液體就是生醬油。靜置數日之後，所含渣滓沉降即可進行加熱殺菌。
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