新鮮的蟲草若是密封、真空放在冰箱冷凍區，其保質期可延長到6個月。新鮮冬蟲夏草的保存原則是冷凍、真空、乾燥，建議每次吃多少拿多少解凍，而一旦解凍了的蟲草應儘快吃掉，不能重複冷凍。
在保質期內食用冬蟲夏草是在沒有生蟲子的前提下，如果長了蟲子，千萬不能食用。專家説，在適當温度下，空氣中的黴菌孢子散落在冬蟲夏草表面，會吸收藥材養分，萌發菌絲，並分泌酵素，進一步破壞藥材。冬蟲夏草如果附有蟲卵的話，當温度達到一定程度就可以孵化。有些蛀蟲可分泌出酶，分解藥材的成分，引起藥材變質。
新鮮冬蟲夏草必須冰箱冷凍保存，阻止微生物繁衍，最佳保存温度為零下3度到零下10度以內可以存放3-6個月（建議嚐鮮1-3個月的量即可）。
真空包裝沒冰箱，氣温低的話可以放一星期，氣温高最多三天。
也可以急凍，但急凍更易破壞鮮度。零下温度時，水會在細胞內形成冰晶，解凍時這些冰晶會使細胞破解（急凍讓破裂速度更快）。
一般新鮮冬蟲夏草都是採取密封真空包裝加全程冷鏈保鮮運輸，在收到蟲草後可分為兩部分，一部分為近期吃的，冰箱的冷藏室（3—10之間）可放一個星期的量，中間保鮮室則可以存放半個月的量（0左右），剩下的放冷凍室（零下18左右，最長可保存6個月）。冷凍的蟲草是吃多少取多少，切記不可反覆解凍冷凍。放如冰箱的蟲草注意要密封，可用密封袋或者玻璃瓶等！
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