一、科屬不同
二者同屬於軟骨魚綱板鰓亞綱，但蝠鱝是燕魟目鱝科蝠鱝屬，而鰩魚是鰩形目鰩科鰩屬。由於從目就不一樣了，所以差異還是比較大的，可以看做兩種不同的魚類。
二、外形差異
蝠鱝的身體扁平，頭部較寬，兩側有胸鰭分化而來的兩個頭鰭。胸鰭比較肥厚，如同翅膀一樣。背鰭很小，尾巴又細又長，有的頂部還有一個或多個毒刺。它的牙齒又細又多，鰓孔寬大。鰩魚的身體呈圓形或稜形，胸鰭很寬，從吻端一直擴伸到尾部，背鰭有兩個。
三、分佈不同
蝠鱝主要棲息在熱帶和亞熱帶的淺海地區，很少會停留在海底，一般從海岸附近的表水層到120米深的地方都能見到，我國在福建、浙江和黃海一帶有發現。鰩魚的分佈範圍則廣泛的多，從熱帶到北極附近的水域都有，而且無論是淺海還是2.7千米深的地方也有分佈，我國主要在東海和南海一帶。
四、食性不同
蝠鱝通常以浮游生物和小魚為食，通常會在珊瑚礁附近覓食，遊動的時候，前鰭可以將食物送到嘴中，其鰓耙則將水濾出，食物留下。鰩魚通常以海底的動物為食，比如蟹類和龍蝦，長大後可以捕食烏賊等軟體動物。
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