突發公共衞生事件對公眾健康的影響表現為直接危害和間接危害兩類。
直接危害一般為事件直接導致的即時性損害,就是説直接對公眾的身體造成損害。間接危害一般為事件的繼發性損害或危害,例如,事件引發公眾恐懼、焦慮情緒等對社會、政治、經濟產生影響。對於突發公共衞生事件相關部門做好防護工作以及完善對突發事件的應急機制。