网传有两种起源说法。
第一种说法是最早起源于孙思邈的《千金翼方》
藿香正气水，最早作为藿香正气散，被鼎鼎大名的“医圣”孙思邈，收录于《千金翼方》当中。
第二种说法是最早收录于宋代的《太平惠民和剂局方》一书中。
到宋代，藿香正气散的药方被收录于的《太平惠民和剂局方》（公元1151年），本书为宋代太平惠民和剂局编写的中医方剂学著作，是全世界第一部由官方主持编撰的成药标准
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