1、根據檔案的性質和用途的不同，可將檔案分為三類：
系統檔案。這是指由系統軟體構成的檔案。大多數的系統檔案只允許使用者呼叫，但不允許使用者去讀，更不允許修改有的系統檔案不直接對使用者開放。
使用者檔案。指由使用者的原始碼、目標檔案、可執行檔案或資料等所構成的檔案。使用者將這些檔案委託給系統保管。
庫檔案。 這是由標準子例程及常用的例程等所構成的檔案。 這類檔案允許使用者呼叫，但不允許修改。
2、按資料形式，按這種方式分類，也可把檔案分為三類：
原始檔。由源程式和資料構成的檔案。通常由終端或輸入裝置輸入的源程式和資料所形成的檔案都屬於原始檔。它通常是由 ASCII 碼或漢字所組成的。
目標檔案。把源程式經過相應語言的編譯程式編譯過，但尚未經過連結程式連結的目的碼所構成的檔案。它屬於二進位制檔案。通常，目標檔案所使用的字尾名是“” 。
可執行檔案。把編譯後所產生的目的碼再經過連結程式連結後所形成的檔案。
3、存取控制屬性，根據系統管理員或使用者所規定的存取控制屬性，可將檔案分為三類：
只執行檔案。該類檔案只允許被核准的使用者呼叫執行，既不允許讀，更不允許寫。
只讀檔案。該類檔案只允許檔案主及被核准的使用者去讀，但不允許寫。
讀寫檔案。指允許檔案主和被核准的使用者去讀或寫的檔案。
擴充套件資料
許多檔案格式都有公開的、不同程度規範或者建議的格式。這些規範或者建議描述了資料如何編碼，如何排列。有時也規定了是否需要特定的電腦程式讀取或處理。有兩種情況下，檔案格式沒有公開。第一種情況是：開發者將檔案格式視作商業祕密不願公開第二種情況是：開發者不願或花去很少的時間用於規範文件。
需要注意的是，使用不公開的檔案格式可能會帶來額外的成本。要了解這類檔案格式或者需要通過對獲得的檔案進行逆向工程，或者通過向開發者付費來獲得檔案的格式。第二種方式中往往還需要與開發者簽訂不擴散協議。不論怎樣兩種方式都是費時，費錢的。
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