《文明六》曼哈頓計劃的作用是解鎖核分裂科技。解鎖核分裂後就可以研究核彈。
在研究曼哈頓計劃的同時還會出現常藤行動,兩個任務都完成之後就可以解鎖核裝置,核裝置的數量不限制,但是維護成本十分巨大,一次維護金可達十幾個金幣,一般玩家是支援不下去的,但是核裝置的屬性是十分誘人,可以部署在地圖上的單位或改良設施都能使用它,受到核攻擊的單位格會瞬間受到核汙染,含有汙染物的單元格上任何物體都無法使用生產力,可以說是佔領土地的一大凶器。