1597年4月27日,芭芭拉和開普勒結婚。在他們婚姻的早年,他們生育了兩個子女(海因裡希與蘇珊娜),但是都在襁褓裡夭折了。1602年,他們又生了一個女兒(蘇珊娜),1604年,生了一個兒子(弗里德里希),1607年又生了一個兒子(路德維格)。
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