1979年,因資金所限,該工程暫時停止建設。到1986年,哈爾濱才再次將地鐵修建提上日程,成立了地鐵籌備辦公室。
1995年,決策層意見不統一:優先建設地鐵,還是優先發展松花江北岸後者佔了上風,地鐵籌建就此擱置。
1998年,哈爾濱市再次成立地鐵辦公室,並向國家發改委申報建設地鐵專案,得到的回覆是:全國所有的地鐵專案一律停止審批。2005年6月30日,國務院正式審批了哈爾濱地鐵工程近期10年規劃。