1880年9月11日,孔祥熙出生于山西省太谷縣程家莊。兩年後其妹誕生,取名祥貞。孔祥熙是孔子的第七十五代裔孫。
1884年(清光緒十年):始讀《三字經》、《論語》等。
1886年(清光緒十二年):母龐氏不幸病逝。其後隨父至外祖父所居地太谷縣南張村,並就讀於其父創辦的私塾,自此讀經習字為時4年。
1889年(清光緒十五年)因患病求治於傳教士創辦的基督教診所,並很快獲痊癒。此事令其改變對西方傳教士的看法,由心存畏懼轉而為仰慕和信賴。
1890年至1893年(清光緒十六~十九年)在基督教公理會所辦的國小校就讀,以優異成績畢業。
1894-1899年(清光緒二十~二十五年)由基督教公理會保送至潞河書院就讀,在此皈依基督教併成為一名講經佈道人。
1900年(清光緒二十六年)6月義和團運動波及北京後,潞河書院停課。孔祥熙趕回太谷老家後不久,便和當地洋教士一起被困在福音院內被救出後一直藏匿至形勢稍有緩和,方才趕去北京向教會文面彙報山西局勢。旋即陪同文阿德返回山西處理當地“教案”。