甲基綠染DNA，染色後呈現的顏色是藍綠色。
甲基綠是具有金屬光澤的綠色微結晶或亮綠色粉末。溶於水，顯藍綠色。稍溶於乙醇，不溶於戊醇。為鹼性染料，它易與聚合程度高的DNA結合呈現綠色。又稱雙綠SF。綠色晶體，具金黃色光澤，或淡綠色粉末。溶於水，呈藍綠色。微溶於乙醇。
商品通常為鋅複鹽C26H33N3Cl2·ZnCl2(稱C.I.鹼性藍20)。用於細菌染色(新鮮標本細胞核染色)甲基綠-鹽酸混合物用於鑑定精子、淋球菌和肥大細胞染色。甲基綠可用於鑑定DNA。DNA遇甲基綠(常溫)會被染成藍綠色。
甲基綠&吡羅紅：甲基綠使脫氧核糖核酸（DNA）發生顯色反應，吡羅紅使核糖核酸（RNA）發生顯色反應.
用兩種試劑對真核細胞（如洋蔥表皮細胞）染色，光學顯微鏡的視野中，細胞核顯綠色，細胞質顯紅色.因此可確定 DNA分佈在細胞核上，RNA分佈於細胞質中.
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