南航經營包括波音777、747、757、737,空客A330、321、320、319、300、388在內的客貨運輸機400架。南航的主運營基地是廣州白雲國際機場、北京首都國際機場、鄭州新鄭國際機場。其他基地有重慶江北國際機場、深圳寶安國際機場、廈門高崎國際機場、粵西國際機場、瀋陽桃仙國際機場、烏魯木齊地窩堡國際機場、武漢天河國際機場、半島國際機場、長沙黃花國際機場、大連周水子國際機場、哈爾濱太平國際機場、貴陽龍洞堡國際機場、福州長樂國際機場、青島流亭國際機場、南寧吳圩國際機場、桂林兩江國際機場。在亞洲地區主要與大韓航空公司及美國西北航空公司進行全面的共享代碼的協議。