由皇帝直接控制六軍，由大司馬或太尉掌管，編制按將軍、司馬、伍、卒設立武官，多以朝庭清重大員擔任。同時分封宗室親王或異性大族都督州鎮要地，以圖鞏固中央集權統治。
官職以大將軍爲最，官位在三公之上。
其次爲驃騎大將軍、車騎將軍、衛將軍、左右前後將軍，皆金印紫綬，官品次於九卿，職掌京師及邊防事務。
凡加都督中外諸軍事之銜者，爲指揮全國軍隊的最高長官，代表皇帝掌握最高軍權。
下設中軍將軍總統宿衛，左右衛將軍統領宮殿禁軍，領軍、護軍(初稱中領軍、中護軍)等分領宮門及京師城內禁軍，四護軍統領城外諸軍。
西晉增設四徵（徵東、徵西、徵南、徵北）及四鎮（鎮東、鎮西、鎮南、鎮北）將軍。四徵將軍負責征剿、鎮壓，四鎮將軍負責地方安定。
“徵東將軍”統領青、兗、徐、揚四州軍事，屯駐揚州。
“徵南將軍”統領荊、豫二州軍事，屯駐新野。
“徵西將軍”統領雍、涼二州軍事，屯駐長安。
“徵北將軍”統領幽、冀、並三州，屯駐薊州。
此外，還有四平、四安等將軍，以統分置於各地的外軍。
雜系將軍稱謂有勇武、壯威、宣威、明威、定遠、寧遠、遊騎、遊擊等，名目繁多。
“校尉”軍職在各朝職權不同，兩晉時期校尉地位較高，僅次於將軍，司隸校尉（守衛京師軍職，相當於現在的懷衛戍區司令）級別更高，已非一般軍官之任。
另外掌管少數民族地區的沿邊屯軍將領亦稱校尉，如烏桓校尉、西戊校尉、南蠻校尉等。
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