小慈菇主要分佈於安徽、浙江、江西、福建、廣東、海南、廣西等省區。生於水田、沼澤、溪溝淺水處,爲我國特有品種。
小慈姑多年生沼生或水生草本植物。沉水葉披針形,主脈粗壯花序總狀輪生,雄花多雌花少,近卵形瘦果近倒卵形。果喙自腹側伸出,宿存,長約0.5-1毫米。花果期5-11月。