優點：設備較簡單、生產成本較低省工省力、省水省肥、優質高效、環保少污染以及避免連作障礙等。
缺點：針對基質栽培設施一次性投入過大、營養液多管理較爲繁瑣麻煩、病害發生難以控制這一現狀，需要的基質多，連作的陳基質容易帶病菌，傳染病菌。
一、優點：
1、操作管理簡單。
一般的無土栽培需要配製營養液，在作物生長期間需維持各種營養元素的濃度和比例以及測定pH值和EC值，技術難度比較大，不易爲一般的種植者掌握。而有機基質和有機生態型無土栽培的基質以及有機肥中營養元素齊全，微量元素豐富，大大簡化了營養管理過程。
2、設備簡便投資少。
一般的無土栽培例如水培需要鋼架大棚，種植設施、營養液、循環系統、定植板水泵等，這些設備的構建需要大量的投資。而有機質栽培只需要簡易的塑料大棚，定植槽以及有機基質即可，成本遠遠少於一般的無土栽培。同時使用的有機基質可以重複利用，並且能夠達到與新機質同樣的效果。
3、對環境的污染少。
傳統栽培中常有約20%的營養液排到系統外， 排出液中高濃度鹽會污染環境。如岩棉栽培系統排出液中硝酸鹽的含量高達212mg/L，對地下水有嚴重污染，而有機基質和有機生態型無土栽培系統排出液中硝酸鹽的含量僅1～4mg/L，對環境無污染。
4、避免土壤連作障礙。
相較於一般的設施栽培需要土壤，存在連作障礙和嚴重的土傳病害，有機基質和有機生態型無土栽培不用土壤，而用少量的有機基質基質，可以避免土壤連作障礙。同時基質重複利用時，因基質量少、質地輕，易於消毒處理以及更換所以可有效實施作物輪作。
5、適宜生產綠色。
有機生態型無土栽培的基質和肥料，均以有機物料機質爲主，所用有機肥經高溫和厭氧發酵處理後，不會出現過多有害無機鹽類危害和各種病原菌。有機基質栽培基質過程中沒有無使用機物和化學肥料，沒有硝態氮肥，同時病蟲害較少，很少使用農藥。
二、缺點：
1、單一有機基質的理化性質變化大，穩定性也較差，對植株的生長和產品的品質和產量影響較大。每次使用的基質養分含量以及各種理化性質不能保持一致例如：氮磷鉀的含量、含水量、持水量、pH、顆粒大小以及顏色等。
2、使用一些堆肥和城市垃圾肥時，要進行堆漚，期間有可能釋放出一些對植物生長的有害物質。這些性質對植物的生長具有重要的影響。
3、植物對有機營養的吸收理論的研究還不是很清楚，要使得有機基質栽培過程達到精確控制難度很大。另外我國的基質生產工藝還沒有達到標準化、規模化、工廠化，很難使有機基質栽培進入細微化生產。
基質栽培法的植株不易發生倒伏根系生長於基質內，基質的通氣性好，有利於根系生長栽培過程中，營養液澆灌到基質內，並由基質保持，流失少，利用率高基質本身對營養液的變化具有一定的緩衝作用，營養液輕微的濃度以及酸鹼度等的改變一般不會對蔬菜造成明顯的不良影響。
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