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木耳一般以乾貨較爲常見，保存時注意乾燥、通風、涼爽即可，避免陽光直射，避免壓重物或經常翻動導致碎裂。只要保存得當，一般能放置較長時間。如果水發了之後吃不完，裝在有水的保鮮盒裏，放在冰箱冷藏室，亦可保存兩三天。
1、杜絕蟲源
危害木耳的害蟲有白蟻、谷蛾、長角谷盜，這些害蟲常常在倉庫縫隙、堆放的雜物處越冬。
因此，在貯藏木耳前，應清除室內雜物和室外雜草，並用80%敵敵畏乳油進行空倉消毒，用量爲0.2～0.3g/平方米，用紗布條浸藥液掛於室內，密閉2～3天后，再通風1天，即可將木耳入倉。最後在倉庫周圍撒石灰粉，防止室外害蟲進入室內。
2、防止受潮
木耳受潮後，極易導致蟲害。因此，進庫前必須乾燥處理，使木耳含水量不超過12%，再裝入塑料袋或鋁罐中，密封后，置於襯有防潮紙的木箱或紙箱內。
箱內可放入乾燥劑(幹木屑或生石灰等)。每隔10～15天檢查1次，若干燥劑已吸溼，應取出曬乾或烘乾後，再放入箱內，若木耳回潮，應及時取出乾製。
3、及時殺蟲
如果木耳貯藏期間發現害蟲，應採取措施及時殺除。
①將木耳在強光下曝曬1天或用烘乾機在50℃條件下烘40分鐘即可殺滅害蟲
②密封倉庫20天以上可殺死全部害蟲
③將倉庫內的氧氣抽出後輸入氮，或向室內輸入二氧化碳，使室內含氧量降至2%，害蟲會因缺氧窒息而死。
4、閉倉燻蒸
在木耳貯藏期害蟲大量發生時，應採用熏蒸劑對倉庫密封燻蒸，此法短期內見效明顯。常用的熏蒸劑爲磷化鋁，用量爲6～9g/立方米，分散放於倉內，12℃以上密閉96小時，燻蒸結束後通風散氣10天以上。
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