第一部：徽章的代表意義
八位被選召孩子的徽章，都有着特別的意義，太一的勇氣、阿和的友情、光子郎的知識、素娜的愛心、美美的純真、阿助的誠實、阿武的希望、嘉兒的光明。這些都是他們小時候的品質，在數碼寶貝世界的冒險，不僅是他們的一次難忘的回憶，更是他們找回曾經的自己的一次旅行。不管長大之後會變得怎樣，千萬不要丟失了自己曾經的美好品質。
第二部：合體進化
第二部的故事承接第一部，在與一乘寺賢的戰鬥中，大輔、小京、伊織三人繼承了前作幾位孩子的徽章意義的裝甲。在後面與木乃伊獸和亞基利獸的戰鬥中，他們的成熟期合體進化為完全體，跟第一部不同的是，合體意味着團結，結合隊友的力量，故事想教會我們不管遇到遇到任何強大的單人不能打敗的敵人的時候，團結合作是一種取勝之道。
第三部：馴獸師與數碼寶貝
故事劇設建立在人類世界的數碼寶貝卡片的遊戲之上，在熱衷數碼寶貝卡片戰鬥的孩子中，有着幸運兒能夠真正成為馴獸師，進行真正的數碼寶貝戰鬥。但是，數碼寶貝並不是遊戲中的虛擬數據，馴獸師信任自己的數碼寶貝，只有這樣數碼寶貝才會迴應自己進化更強，而不是單純的依靠載入敵人數據。最後的究極進化就是因為馴獸師和數碼寶貝心意相通才會進行網絡進化的
第四部：繼承傳説
故事發生在傳説中十鬥士打敗了光明獸之後，在數碼寶貝世界再次遇到危險時，拓也、小泉、輝二、友樹、純平幾位人類孩子收到神聖天女獸的召喚來到數碼寶貝世界，繼承了傳説中十鬥士留下的鬥士精神，以十鬥士之名再次展開拯救數碼寶貝世界之旅。在這過程中，他們打敗了邪惡的其餘五位鬥士，最後結合所有鬥士精神進化為金剛武神獸，再次打敗了光明獸，在繼承傳説的同時又創造了新的傳説
第五部：人類與數碼寶貝
第五部是講述人類與數碼寶貝兩個世界的故事，大門大、托馬、淑乃這些DATS隊員的努力下，人類和數碼寶貝關係開始緩和。在數碼寶貝世界和人類世界碰撞毀滅之際，世界樹和皇家騎士企圖消滅人類世界以保存數碼寶貝世界的舉動並沒有得到數碼寶貝的支持，最後大門大打敗了世界樹，兩個世界也因為人類的數碼之魂和數碼寶貝的努力重新存活下來，兩個世界得到了拯救
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