九寨溝海子分佈在三條溝內,都在景區內,數量總計16個。其中則查窪溝海子有上、下季節海,五彩池,長海日則溝海子有天鵝海,芳草海,箭竹海,熊貓海,五花海,金鈴海,鏡海樹正溝海子有犀牛海,老虎海,卧龍海,雙龍海,蘆葦海。