九寨溝山地切割較深,高低懸殊,植物垂直帶譜明顯,植被類型多樣,植物區系成分十分豐富。九寨溝的森林有近20000公頃,密佈在2000米至4000米的高山上。主要有國家級保護植物有四川紅杉、星葉草、三尖杉、白皮杉、麥吊雲杉、紅松、冷杉、赤樺、領春木和連香樹等。區內有高等植物2576種,其中國家保護植物24種低等植物400餘種,其中藻類植物212種,而且有40種植物屬四川省首次發現的特別物種,為九寨溝獨有。