1、所覆蓋的對象不同。
異地職工醫療保險是城鎮所有用人單位，包括企業（國有企業、集體企業、外商投資企業、私營企業等）、機關、事業單位、社會團體、民辦非企業單位及其職工，都要參加。鄉鎮企業及其職工、城鎮個體經濟組織業主及其從業人員是否參加基本醫療保險，由各省、自治區、直轄市人民政府決定。
新農合必須是有農村户口才可以辦理。
2、繳費主體不同。
職工醫療保險是指國家通過立法強制規定，用人單位和社會成員個人共同繳納醫療保險費，建立醫療保險基金。
新型農村合作醫療制度是由政府組織、引導、支持，農民自願參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟制度。
3、繳費方式不同。
而醫療保險具有強制性，是單位和職工共同繳納的，並需要繳納時間達到一定的年限。
新型農村合作醫療是農民自願參加，而且必須以家庭為單位整户參加，且需要每年辦理參保繳費手續。
4、繳費標準不同。
職工基本醫療保險繳費和個人工資有關，按照相關規定的比例標準繳納，分為幾檔可以選擇，一般單位承擔8％，個人承擔2％。職工醫保的繳費標準遠高於新農合。
新型農村合作醫療的繳費標準有每年100元、200元、300元、400元、500元，各個地方根據自身的情況來設置繳費的檔次，不同的省市，因為經濟水平的不同，繳費標準有所不同，具體金額可撥打當地社保局電話12333進行免費諮詢。小保這裏新農合今年繳費是150元。
5、報銷比例不同。
職工基本醫療保險參保人擁有個人賬户，定期會有費用劃入，報銷比例較高，有起付標準，限額較高，醫療費不封頂。職工基本醫療保險參保人員完成繳費年限後可以終身享受。
新型農村合作醫療沒有個人帳户，報銷比例也比職工基本醫保要低，限額較低，並且是一年一參合，參合本年度享受的報銷。
6、報銷範圍不同。
新農合在農村鄉鎮醫院的報銷比例較高，到市級以上醫院報銷比例相對社保較少，但兩者都是隨着醫院的級別升高而降低。
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