市面上銷售的硝化細菌主要分為兩類，活性硝化細菌和人造硝化細菌。活性硝化細菌是以活體菌羣作為主要物質。人造硝化細菌則是以促進水中已有硝化細菌生長的物質。
活性硝化細菌起效時間短，根據水温通常在2-5天內即可，水温在25-30度作用最為明顯。但是保存時間短，通常不超過12個月。
人造硝化細菌由於不含活性菌株，保存時間長，通常在2年左右。但是起效時間較長。在建立生物系統前，可以結合使用水質澄清劑使用
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