主要區別是，科目分類不同、形態特徵不同、棲息環境不同，具體如下：
一、科目分類不同
1、江豚
江豚一般指江豚屬，是鯨目、鼠海豚科、江豚屬動物。
2、海豚
海豚是對海豚科的一類水生哺乳動物的統稱，是偶蹄目、鯨下目、齒鯨小目、海豚形類、海豚科動物。
二、形態特徵不同
1、江豚
體長為120-190釐米，體重100-220千克。頭部較短，近似圓形，額部稍微向前凸出，吻部短而闊，上下頜幾乎一樣長，牙齒短小，左右側扁呈鏟形。眼睛較小，很不明顯。身體的中部最粗，橫剖面近似圓形。背脊上沒有背鰭，鰭肢較大，呈三角形，末端尖，具有5指。尾鰭較大，分為左右兩葉，呈水平狀。
全身為藍灰色或瓦灰色，腹部顏色淺亮，脣部和喉部為黃灰色，腹部有一些形狀不規則的灰色斑。一些個體在腹面的兩個鰭肢的基部和肛門之間的顏色變淡，有的還帶有淡紅色，特別是在繁殖期尤為顯著。
2、海豚
體長約1.2－9.5米，體重30－14000公斤。雄性通常比雌性大。多數海豚頭部特徵顯著，由於透鏡狀脂肪的存在，喙前額頭隆起，又稱“額隆”，此類構造有助於聚集回聲定位和覓食發出的聲音。一些海豚雖有額隆，但喙部較短，隆起的前額僅勾畫出方形外觀。多數海豚的體型圓滑、流暢，有彎如鈎狀的背鰭（也存在其他形態）。某些海豚體表有醒目的彩色圖案，另一些則是較為單調的顏色。
通常，鼠海豚被用於和海豚相關的物種，它們沒有形態完好的喙吻，頭部近似方形、體型較短粗。而多數海豚的喙部形態顯著，體纖細呈流線型。海豚頭骨的面部凹陷寬闊，上頜骨後端自喙上延伸，鱗骨顴突小，被擴大的上頜骨和額骨遮掩，喙部形態從寬短到狹長各不相同。下頜與分支融合長度不超過40%。上齒列後偏，牙齒橫截面呈圓形。
三、棲息環境不同
1、江豚
生活於靠近海岸線的淺水區。主要是在沿海水域，包括淺海灣，紅樹林沼澤，河口和一些大的河流中，偶爾會出現在遠離岸邊的淺水海域。這屬物種對沙地或軟牀地區海域有強烈的偏好，通常棲於鹹淡水交界的海域，也能在大小河川的下游地帶等淡水中生活。
2、海豚
主要棲息於熱帶的温暖海域，但也有一些種類比如露脊海豚更喜歡寒冷水域。通常生活在淺水或至少停留在海面附近。
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