區別有兩點：
1、信息收集不同：
產檢建檔可以使信息收集更完整。
2、在建檔醫院生產的資格不同：
不建檔沒有在建檔醫院生產的資格。一般不在醫院建檔，很難在該醫院正常待產、生產，急診除外。
建檔可以對孕期做一個規劃且對於孕檢信息收集完整，也就意味着可以在建檔醫院生產。一般不在醫院建檔，很難在該醫院正常待產、生產，急診除外。 孕婦建檔都是遵循自願原則的，醫院不會強制孕婦進行建檔。至於孕婦建檔的費用也要依據不同醫院的規定。
孕婦選擇在哪家醫院生產，就在哪家醫院建立檔案，最好不要中途轉院，以確保信息的全面性和連續性。孕婦建檔主要是為了能夠全面地掌握準媽媽身體狀況和胎兒的發育情況，以便更好地應對孕期發生的狀況。
臨產時醫生也會根據檔案中的記錄和準媽媽的身體狀況，來決定是順產還是剖宮產，萬一有特殊情況，也可以在短時間內做出準確的判斷。
而不建檔，很多醫院是不同意在該醫院待產和分娩的。首先沒有文字資料系統的管理孕產期，再次出了什麼意外醫務人員也會無從下手還易引起糾紛。 所以建議您選擇好醫院就去建檔，且在懷孕前三個月內及時建檔。
區別：決是否能夠早期排查胎兒問題，解決問題。
產檢建檔是在完善懷孕初期相關檢查，包括孕婦全身多個氣管系統功能的檢查以及必要的影像學檢查，包括B超、胎兒的超聲，以及對胎兒的初步瞭解，可以初步排除嚴重的胎兒畸形，也可以有利預後續常規的產前檢查、產前篩查，以及產前診斷。
不建檔：則一些相關的檢查或者後續需要做的基本檢查就容易發生遺漏缺失，不利於母胎異常情況的及早發現。
產檢建檔後醫院就開始儲存你的孕期檔案，所有產檢的結果都會記錄在案，包括上載到互聯網。如果不建檔，醫院是沒有你的任何資料的，也不利於你日後生產。
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