腔腸動物有專門的消化器官，稱作胃腔，食物進入胃腔後，胃層的腺細胞開始分泌蛋白酶，分解、消化食物使之形成許多多肽，同時在胃腔中由於營養肌肉細胞的鞭毛運動，食物得以混合與推動。經這種細胞外消化之後，開始細胞內的消化過程，營養肌肉細胞的偽足吞噬食物顆粒，在細胞內形成大量的食物泡，經過酸性及鹼性的化學過程之後，營養物質由細胞的擴散作用輸送到全身。消化後的營養物通過各種管道輸送到全身，未消化的食物殘渣仍由口排出。
大多數的扁形動物沒有專門的消化器官.靠寄生在人和動物體內.獲取
扁形動物的消化系統由口、咽、腸組成，有的沒有專門的消化器官，身體有口無肛門.扁形動物消化能力不足，除少數營自由生活外，大部分營寄生生活.
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