1372年,中國人楊載首先駐足釣魚島。明永樂年間出版的《順風相送》對釣魚島有詳細記載。其間明人在台灣轄區釣魚島採珠集藥、捕魚開發從未間斷過,這些在明嘉慶11年陳侃所著的《使琉球錄》中也有清楚記載。
明朝中葉,戚繼光等民族英雄抗擊倭寇時,就以釣魚島為戰略防線。1602年日本侵犯琉球,琉球從此遭日人監督內政40餘年。
1654年清康熙帝冊封琉球王為尚質王,定兩年進貢一次,稱中國為父國,用大清年號。明清期間的多幅疆海圖都清楚標明釣魚島為中國的一部分。