三樓。
與國內的火車站都採取的從上層進站、下層出站的人流組織形式不同,為了配合樞紐以步行人流換乘集散交通層為中心的流線組織,國家鐵路首次在深圳北站實現了“上進上出”的人流組織,這也是國內唯一採用“上進上出”的大型火車站。